Die Helios Amper-Kliniken bescheinigen sich selbst eine überdurchschnittlich gute Qualität. Alle Helios-Kliniken erheben jährlich Daten darüber, wie erfolgreich verschiedene Krankheitsbilder behandelt und bestimmte Eingriffe durchgeführt wurden. Diese Daten werden an die Initiative Qualitätsmedizin (IQM) gesendet. Der 2008 gegründete Verein hat sich der Patientensicherheit verschrieben und will sich für mehr Qualität in der medizinischen Versorgung engagieren. Die IQM erfasst die Angaben in vorgegebenen Kategorien von 380 Mitgliedskliniken aus Deutschland und der Schweiz.
Im Vergleich mit den Zahlen anderer teilnehmender Kliniken schneiden Dachau und Indersdorf besonders gut ab. Als Referenzwert der Qualitätsdaten wird ein Querschnitt des Statistischen Bundesamtes herangezogen. Das Ergebnis: Die Kliniken Dachau und Indersdorf haben 97,5 Prozent der medizinischen Ziele erreicht. Das heißt konkret: Bei 39 von 40 Krankheitsbildern und Eingriffen waren die Amper-Kliniken besser, teils wesentlich besser als der Bundesdurchschnitt. Diese 40 Krankheitsbilder zählen zu den Bereichen Schlaganfälle, Herzerkrankungen, Erkrankungen der Lunge, Gefäßoperationen, Operationen der Bauchorgane, Orthopädie und Unfallchirurgie, Wirbelsäule, Urologie, Intensivmedizin sowie Frauenheilkunde und Geburtshilfe. Im Vergleich mit den 380 teilnehmenden Kliniken der Initiative Qualitätsmedizin schnitten die Amper-Kliniken bei 38 von 39 von der IQM definierten Qualitätszielen besser ab als der Durchschnitt. Selbst im internen Vergleich innerhalb des Helios-Konzerns liegen Dachau und Markt Indersdorf vorn: In 33 von 40 Kategorien liegen sie über dem Qualitätsdurchschnitt der 86 Helios Kliniken in Deutschland, so teilt der Konzern selbst mit.
Wegen Personalmangel und daher überlasteter Pflegekräfte waren beide Kliniken im Landkreis immer wieder in die Kritik geraten. Die Pflegekräfte hatten sich zuletzt an einer bundesweiten Aktion beteiligt, mit der sie sich an Gesundheitsminister Jens Spahn (CDU) wendeten. Sie fordern vor allem eine deutliche Arbeitsentlastung und damit eine bessere und sicherere Betreuung der Patienten.